近日，中国科学院海洋研究所在银鲳基因组学研究方面取得新进展，首次发布了我国重要名贵经济鱼类——银鲳的高质量染色体水平参考基因组，相关研究成果以题为“Chromosome-level genome assembly of the silver pomfret (Pampus argenteus)”在Nature子刊《Scientific Data》（Q1，IF5year=10.8）在线发表。
银鲳（Pampus argenteus）隶属鲳亚目（Stromateoidei）、鲳科（Stromateidae）、鲳属（Pampus），广泛分布于西北太平洋近岸海域，从我国南海北部至日本、韩国和俄罗斯沿海均有分布。银鲳肉质细腻，油脂丰富，是我国重要渔业经济鱼类，具有极高的经济价值。银鲳的供应高度依赖于渔业捕捞，自上世纪80年代起，我国海洋捕捞强度不断增大，近些年以银鲳为主的鲳属鱼类年捕捞量已超过30万吨，导致银鲳面临野生资源极具衰退的风险。目前，我国银鲳人工繁育与养殖技术取得突破性进展，对银鲳野生资源保护和恢复具有重要意义。然而，银鲳对环境变化极为敏感，在运输和养殖过程中容易发生应激死亡，制约了银鲳养殖产业的发展。此外，银鲳形态特化，身体极为侧扁，无腹鳍，食道前部具有特殊的食道侧囊结构，为鲳亚目特有的关键演化特征，是银鲳适应捕食小型甲壳动物和水母的重要性状。
此前，海洋研究所刘静研究团队基于鲳属全球线粒体基因组数据以及形态和分布特征，首次明确了世界鲳属物种多样性和地理分布格局形成与演化历程。研究结果表明，目前，世界鲳属存在7个有效物种，即：银鲳P. argenteus、中国鲳P. chinensis、灰鲳P. cinereus、刘氏鲳P. liuorum、珍鲳P. minor、翎鲳P. punctatissimus和素鲳P. candidus；而过去文献中报道的镰鲳P. Echinogaster则为银鲳的同物异名。
在以前研究基础上，研究团队综合采用Illumina、PacBio CCS以及Hi-C测序技术对银鲳基因组进行了深度测序和组装，在国际上首次获得了银鲳的高质量染色体水平参考基因组，得到银鲳24条染色体单体序列，精确揭示了银鲳基因组大小为518.06 Mb，组装完成的基因组Contig N50长度达20.47 Mb，Scaffold N50长度达22.86 Mb，基因组完整度极高，达到染色体水平级别。重复序列占基因组的13.45%，获得了24,696个蛋白编码基因，BUSCO评估值高达98.90%。该研究成果为深入解析银鲳食道侧囊和腹鳍缺失性状演化、种质遗传资源评估、抗逆品种选育及银鲳渔业资源可持续利用等研究提供高质量参考基因组基础。
中国科学院海洋研究所为论文第一完成单位，分类室韦杰鸿博士生和开放室肖永双副研究员为论文第一作者，刘静研究员和徐奎栋研究员为论文通讯作者。本研究得到国家自然科学基金项目和中国科学院B类战略性先导科技专项资助。
论文目录：
Jiehong Wei#, Yongshuang Xiao#, Jing Liu*, Angel Herrera-Ulloa, Kar-Hoe Loh, Kuidong Xu*. Chromosome-level genome assembly of the silver pomfret (Pampus argenteus). Scientific Data, 2024, 11: 234. https://doi.org/10.1038/s41597-024-03070-0.
Jiehong Wei#, Renxie Wu, Laith A. Jawad, Yongshuang Xiao, Kar-Hoe Loh, Angel Herrera-Ulloa, Yajun Wang, Jing Liu*, Kuidong Xu*. Species diversity and distribution of genus Pampus (Pelagiaria: Stromateidae) based on global mitochondrial data. Frontiers in Marine Science, 2022, 9: 1050386. https://doi.org/10.3389/fmars.2022.1050386.
论文链接：
https://www.nature.com/articles/s41597-024-03070-0
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmars.2022.1050386/full
7个有效鲳属物种的全球分布
银鲳染色体水平基因组特征
院地合作