中国科学院沈阳应用生态研究所的前身是中国科学院林业土壤研究所，成立于1954年，是以森林、土壤、植物、微生物与环境科学为基础的生物学地学研究所，1987年更名为中国科学院沈阳应用生态所，现已发展成为东北地区资源、环境与农业可持续发展的研究基地。

　　沈阳应用生态所以主要陆地生态系统为研究对象，针对林业和农业可持续发展、生态环境建设中急需解决的重大问题和应用生态学的发展需要，在森林生态与林业生态工程、土壤生态与农业生态工程领域开展应用基础性研究工作，丰富和发展森林生态学和农田生态学基础理论，为我国主要退化生态系统恢复重建、改善生态环境、保障食物安全提供科学依据和关键技术。

　　沈阳应用生态所的研究方向包括：森林生态系统生物多样性、森林生态系统生态过程、森林生态系统管理与调控、退化森林生态系统恢复与重建、森林景观变化对环境的影响与反馈、土壤酶学与新型缓释控释肥料研制、土壤环境与污染土壤修复、农田生态系统物质循环与调控、农田生态系统健康绿色食品开发、微生物资源与农业生物技术。

　　沈阳应用生态所研究生部设有生态学、微生物学、土壤学硕士、博士学位授予点和植物学硕士学位授予点，并设有生态学、微生物学博士后流动站，是我国生态科学高层次专门人才的重要培养基地。沈阳应用生态所先后有4位科学家当选位中国科学院院士或中国工程院院士。